公司扣了您2006元工资，可能涉及以下法律风险：
1. 仲裁时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，从您知道或应当知道工资被克扣2006元之日起算。例如，若您2023年1月发现扣款，2024年2月才申请仲裁，已超时效，仲裁机构可能不予受理，导致无法通过仲裁追回工资。
2. 证据链风险：若缺乏证明公司扣薪及违法性的证据（如工资条、银行流水、沟通记录等），维权可能失败。例如，未保留工资条且公司否认扣款，您又无其他佐证，仲裁或诉讼中可能因证据不足败诉。
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公司扣您2006元工资是否合法，需结合具体情形判断：
- 无合法理由扣款：若公司未因您造成经济损失、未违反合法规章制度等，扣除2006元工资的行为违法。
- 可能合法的情形：

1. 公司能证明您因故意或重大过失造成经济损失，且按劳动合同或合法制度从工资中扣除赔偿（每月扣除≤20%当月工资，剩余工资≥当地最低工资标准）。

2. 双方协商一致并书面约定扣款（如您同意扣除某项费用并留存协议）。

3. 公司规章制度经民主程序制定并公示，且您存在违规行为，同时扣款符合比例及最低工资限制。
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以下特殊情形可能影响处理结果：
1. 劳动者造成经济损失：公司能证明您因故意或重大过失造成经济损失（金额≥2006元），且按约定或制度扣赔偿费，此时扣款可能合法。处理重点为损失真实性、金额合理性及扣款程序合规性。
2. 书面协议约定扣款：若与公司签订书面协议明确扣款事项（内容合法且为双方真实意思表示），公司扣2006元合法，您需遵守协议，不能仅以“劳动法禁止克扣工资”为由主张返还。
3. 规章制度合法且违规：公司规章制度明确扣款情形，经民主程序制定并公示，您存在违规行为，且扣款符合比例及最低工资限制，此时扣款可能合法。处理需审查制度合法性及违规事实。
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判断公司扣您2006元工资是否违法，主要依据《中华人民共和国劳动法》：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
若公司无法定或约定正当理由（如您未造成经济损失、未违反合法规章制度等），扣款即属“无故克扣”，违法。您有权要求公司返还2006元工资。

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